Nogle protokoller vedrører enkelte landes særstilling (f.eks. protokol nr. 16 om den danske sommerhusregel), mens andre er fælles bestemmelser af mere teknisk karakter og er derfor placeret udenfor den egentlige traktattekst.

Protokoller er, i modsætning til erklæringer, juridisk bindende og kan kun ændres ved en traktatændring.

• PROTOKOL (nr. 1) ad artikel 17 i traktaten om Den Europæiske Union.
  
  
• PROTOKOL (nr. 2) on integration af Schengen-reglerne i Den Europæiske Union.
  
  
• PROTOKOL (nr. 3) om anvendelse af visse aspekter af artikel 14
  
  
• PROTOKOL (nr. 4) om Det Forenede Kongerige og Irlands stilling.
  
  
• PROTOKOL (nr. 5) om Danmarks stilling
  
  
• PROTOKOL (nr. 6) vedrørende statutten for Domstolen
  
  
• PROTOKOL (nr. 7) knyttet til Traktaten om Den Europæiske Union og til traktaterne om oprettelse af De Europæiske Fællesskaber
  
  
• PROTOKOL (nr. 8) om fastlæggelse af hjemstedet for De Europæiske Fælleskabers institutioner og for visse af Fællesskabernes org
  
  
• PROTOKOL (nr. 9) om de nationale parlamenters rolle i Den Europæiske Union
  
  
• PROTOKOL (nr. 10) om udvidelsen af Den Europæiske Union
  
  
• PROTOKOL (nr. 11) vedrørende vedtægterne for den Europæiske Investeringsbank
  
  
• PROTOKOL (nr. 12) vedrørende Italien
  
  
• PROTOKOL (nr. 13) vedrørende varer med oprindelse i og indført
  
  
• PROTOKOL nr. 14 om import til Det europæiske økonomiske Fællesskab af olieprodukter raffineret på De nederlandske Antiller(*),
  
  
• PROTOKOL (nr. 15) om den særlige ordning for Grønland.
  
  
• PROTOKOL (nr. 16) om ejendomserhvervelse i Danmark.
  
  
• PROTOKOL (nr. 17) ad artikel 141 i traktaten om oprettelse af Det Europæiske Fællesskab
  
  
• PROTOKOL (Nr. 18) om statutten for Det Europæiske System af Centralbanker og Den Europæiske Centralbank
  
  
• PROTOKOL (nr. 19) om statutten for Det Europæiske Monetære Institut
  
  
• PROTOKOL om proceduren i forbindelse med uforholdsmæssigt store underskud
  
  
• PROTOKOL om konvergenskriterierne
  
  
• PROTOKOL (nr. 22) vedrørende Danmark
  
  
• PROTOKOL (nr. 23) vedrørende Portugal
  
  
• PROTOKOL (nr. 24) om overgangen til tredje fase af Den Økonomiske og Monetære Union
  
  
• PROTOKOL (nr. 25) om visse bestemmelser vedrørende Det Forenede Kongerige Storbritannien og Nordirland
  
  
• PROTOKOL (nr. 26) om visse bestemmelser vedrørende Danmark
  
  
• PROTOKOL (nr. 27) vedrørende Frankrig
  
  
• PROTOKOL (nr. 28) om økonomisk og social samhørighed
  
  
• PROTOKOL (nr. 29) om asyl for statsborgerne i Den Europæiske Unions medlemstater
  
  
• PROTOKOL (nr. 30) om anvendelsen af nærhedsprincippet og proportionsalitetsprincippet
  
  
• PROTOKOL (nr. 31) om medlemstaternes forbindelser med tredjelande med hensyn til passage af de ydre grænser
  
  
• PROTOKOL (nr. 32) om offentlig radio- og tv-virksomhed i medlemsstaterne
  
  
• PROTOKOL (nr. 33) om dyrebeskyttelse og dyrevelfærd
  
  
• PROTOKOL (nr. 34) om de finansielle konsekvenser af udløbet af EKSF-traktaten og om Kul- og Stålforskningsfonden
  
  
• PROTOKOL (nr. 35) vedrørende artikel 67 i traktaten om oprettelse af Det Europæiske Fællelsskab
  
  
• PROTOKOL (nr. 36) vedrørende De Europæiske Fællesskabers privilegier og immuniteter